کاهش ذخایر آبزیان در نقاط مختلف جهان موجب شده است که پژوهشگران علوم شیلاتی پیش از هر گونه اقدام عملی در راستای مدیریت ذخایر آبزیان اقتصادی، ماهیان زینتی و ماهیان جنگل‌های مانگرو، به بررسی و تعیین ساختار ژنتیکی گونه‌های با ارزش آن منطقه از طریق روش‌های مولکولی بپردازند. بنابراین، شناخت ساختار ژنتیکی گونه‌های مختلف اقتصادی خلیج فارس از جمله شش گونه مذکور، پیش از هرگونه اقدام عملی برای حفظ و افزایش این ذخایر ضروری به‌نظر می‌رسد. در این پژوهش، نواحی خاصی از ژنوم میتوکندریایی (mtDNA)به نام 16SrDNA با موفقیت تکثیر و تعیین توالی شد. در این فرآیند، حدود 650-600 جفت باز آمپلی‌فای شده و بازهای قابل اعتماد از هر ژن برای بررسی فایلوژنی انتخاب گردیدند. نمونه‌برداری از مناطق هدف که شامل اصلی‌ترین زیستگاه‌های منحصربه‌فرد شش گونه مورد مطالعه در خلیج فارس است، انجام شد. این گونه‌ها شامل راشگو معمولی(Eleutheronema tetradactylum) ، صبیتی(Sparidentex hasta) ، سنگسر معمولی (Pomadasys kaakan)، شوریده(Otolithes ruber) ، میش ماهی منقوط (Protonibea diacanthus)   و حلوا سفید(Pampus argenteus)  می‌باشند. این گونه‌ها از مهم‌ترین موجودات دریایی در این منطقه شناخته می‌شوند و نمونه‌برداری در زیستگاه‌های طبیعی آنها صورت گرفت. طبق روش استاندارد، از هر نمونه حداقل پنج قطعه از باله شنای گونه‌های مورد مطالعه برای انجام تحلیل‌های مولکولی و شناسایی دقیق گونه‌ها جدا شد. در این تحقیق، گونه راشگو (Eleutheronema tetradactylum ) به عنوان یک هاپلوتایپ مجزا در کنار نمونه‌هایی از مالزی و جین در کلاید سوم به همراه نمونه‌ای از میش ماهیان شناسایی گردید. همچنین نمونه‌ای از میش‌ماهی غالب ((Protonibea diacanthus در منطقه خوزستان در مقایسه با نمونه‌ای از میش‌ماهی معمولی (Argyrosomus hololepidotus) در استان هرمزگان مشاهده شد که نشان‌دهنده غالب بودن گونه منقوط در غرب خلیج فارس نسبت به گونه میش‌ماهی معمولی (Argyrosomus hololepidotus)  در شرق خلیج فارس است. اگر این فرضیه به اثبات برسد، می‌توان این گونه را به عنوان یک گونه یا مورفوتایپ جدید و اندمیک منطقه خلیج فارس مورد بررسی قرار داد. این گونه به همراه ماهی شوریده، در قالب کلاستر خواهری با اختلاف یازده درصدی، به همراه نمونه‌هایی از کشور هند، کلاید دوم را کامل می‌کند. ماهی سنگسر معمولی با اختلاف بالاتری نسبت به پنج گونه مذکور دیگر، در کلاید اول قرار گرفت و اختلافی در بین نمونه‌های این گونه از هرمزگان و خوزستان مشاهده نشد. اما این گونه با نمونه‌ای از چین اختلاف نه درصدی را نشان داد که نمایانگر عدم مهاجرت و کاهش انتقال آلل‌های بین جمعیتی است .اگرچه این گونه با گونه حلوا سفید در همین کلاید با اختلاف دوازده درصدی و با گونه صبیتی  با اختلاف چهارده درصدی کلاستر خواهری را نشان داد. این تحقیق نشان می‌دهد که استفاده از توالی 16SrDNA می‌تواند اطلاعات ارزشمندی درباره ساختار جمعیتی ماهیان، روابط ژنتیکی بین گونه ها در منطقه خلیج فارس و وضعیت اکولوژیک این منابع فراهم کند. همچنین این یافته‌ها می‌توانند به مدیریت بهتر منابع آبزی و حفظ تنوع زیستی و برنامه‌ریزی‌های مدیریتی و حفاظتی کمک کنند.