بیش از 10 سال از شروع خط‌شناسه گذاری DNA برای گونه‌ها گذشته است. این در حالی است که خط‌شناسه گذاری DNA در ماهی‌ها هنوز در ابتدای راه خود می‌باشد. مؤسسه بین‌المللی خط‌شناسه گذاری حیات (Barcode of life) بیان داشته که توالی DNA  همانند بارکد روی اجناس فروشگاه می‌تواند برای شناسایی گونه‌های گوناگون مورد استفاده قرار گیرد. این امر به همین سادگی امکان­پذیر نبوده و نیازمند یک دستگاه بارکدخوان می‌باشد. مطالعات انجام شده نشان می‌دهند که ژن COI میتوکندریایی می‌تواند به­عنوان مارکری سریع و کارآمد در خط‌شناسه گذاری ماهی‌ها به­کار گرفته شود؛ اما از سوی دیگر وجود گونه‌های دورگه و گونه‌هایی که اخیراً اشتقاق یافته‌اند باعث به­وجود آمدن مشکلات و تردید‌هایی برای استفاده از خط‌شناسه گذاری در ماهی‌ها شده است. البته مطالعات تکمیلی نشان می‌دهند که شناسایی اشتباه ماهی‌ها نسبت به مسئله مذکور نگران کننده‌تر می‌باشد و انجام خط‌شناسه گذاری می‌تواند این اشتباهات را تصحیح کند. به­طور کلی با توجه به افزایش صادرات و واردات ماهی‌های زینتی در سراسر دنیا، استفاده از رویکرد خط‌شناسه گذاری می‌تواند در شناسلیی، حفظ و نگهداری گونه‌های این ماهی‌ها کمک کننده باشد.