یکی از مراحل حساس پرورش آبزیان، مرحله انکوباسیون می‌باشد. در این مرحله که تقسیمات سلولی با سرعت بالایی انجام می‌شود، تخم در مقابل تغییرات فیزیکی و شیمیایی آب، حرکت، آلودگی‌ها و عوامل بیماری‌زا شدیدا حساس می­باشد. در این زمان، تخم‌هایی که بنا بر دلایل مذکور یا عدم انجام لقاح از مراحل نمو جنینی باز می­مانند، تخم ناسالم محسوب شده و بایستی از بین توده تخم‌های سالم جدا شوند. تخم‌های ناسالم ظرف مدت کوتاهی محل تجمع عوامل بیماری‌زا شده و برای جلوگیری از انتقال بیماری به تخمهای سالم جداسازی در انکوباتورها صورت می­گیرد. در کل جداسازی تخم ماهیان به دو روش دستگاهی و غیردستگاهی انجام می­پذیرد. در روش دستگاهی تخم‌هایی که مراحل حساس نمو جنینی را پشت سر گذاشته­اند درون دستگاه­های اتوماتیک ریخته شده و جداسازی تخم‌های سالم از تخم‌های غیر سالم بدین روش انجام  می­پذیرد. دستگاه‌های اتوماتیک بر مبنای ویژگی‌های فیزیولوژیک تخم جداسازی را انجام می­دهند. در روش غیردستگاهی جداسازی با کمک دست و پنس یا لوله پوآ و جداسازی از طریق شناورسازی درون آکواریوم یا انکوباتور انجام می‌پذیرد.