بدون شک گسترش تولیدات آبزی ‏پروری، به دلیل فشارهای محیط زیستی ناشی از تاثیر آلوده کننده پساب این صنعت برمنابع آبی و وابستگی شدید به روغن و آرد ماهی در تغذیه آبزیان، محدود خواهد شد. امروزه چنین به نظر می‏ رسد که استفاده از تکنولوژی بیوفلاک در این صنعت هر دو مشکل را به صورت یکجا حل می‏ کند. هم مواد مغذی را از پیکره­ های آبی جدا می‏نماید و هم از آن در جهت تولید زی‏توده باکتریایی (پروتئین میکروبی) استفاده می‏ کند که به طور مستقیم و به عنوان غذای اضافی مورد تغذیه آبزیان پرورشی قرار خواهد گرفت و از این طریق ضریب تبدیل غذا را و متعاقب آن هزینه تولید را کاهش می ‏دهد. درک و فهم پایه­ ای از فلاکه شدن توده ­ای بسیار ضروری است و می‏تواند در بهینه‏ سازی تجربیات موثر باشد. ارگانیسم­ های موجود در فلاک­ ها حتی از فیتوپلانکتون­ ها بهتر و سریع­تر خورده، هضم و جذب می‏شوند که با توجه به تشکیل توده‏ های فلاک در سیستم‏های آبزی‏پروری غیر متراکم و یا متراکم به ترتیب با نسبت وزنی 1/0 تا 10 گرم در هر متر مکعب، از مزیت بالایی برخوردارند. البته رشد فلاک به غلظت اکسیژن محلول، منبع کربن آلی و بارهای دیگر مواد آلی، بسیار وابسته است. تعیین ویژگی­ های بیوشیمیایی فلاک همچون سطوح پروتئین، اسیدهای چرب و پلی بتا هیدروکسی بوتیرات می‏تواند در شناخت ویژگی‏ های غذایی آنها مورد استفاده قرار گیرد. همچنین به منظور شناسایی باکتری‏ ها و جوامع میکروبی توده بیوفلاک از روش‏ های PCR real time یا DGGE استفاده می‏ شود. چنانچه بتوان از میکروب‏ هایی با توان بالا در ارزش افزوده توده بیوفلاک و غنی­ سازی مواد تغذیه آن استفاده نمود، قطعا از دید تجربی مورد استقبال آبزی­ پروران قرار خواهد گرفت. از این منظر، استراتژی داشتن باکتری‏ های غالب که به راحتی به وسیله آبزیان پرورشی خورده و هضم شوند یا برخورداری از محصولاتی چون پلی بتا هیدروکسی بوتیرات که از نظر محتویات انرژی غنی باشند، بسیار با اهمیت و مورد علاقه خواهند بود.