پروبیوتیک‌ها معمولا ارگانیزم‌های زنده‌ای هستند که وقتی به مقدار کافی تجویز شوند باعث بهبود سلامتی میزبان می‌شوند. امروزه، پروبیوتیک‌ها نیز به بخش جدایی‌ناپذیر از آبزی‌پروری برای تولید بالا تبدیل شده‌اند. پروبیوتیک‌های که به صورت معمول در آبزی‌پروری استفاده می‌شوند شامل لاکتوباسیلوس، لاکتوکوکوس، لئوکونوستک، اینتروکوکوس، کارنوباکتریوم، شوانلا، باسیلوس، آئروموناس،  ویبریو، اینتروباکتر، پزودوموناس، کلستریدیوم و گونه‌های ساکرومایسیس است، اگرچه پروبیوتیک‌ها به عنوان مکمل‌های جیره مصرف می‌شوند ولی افزودن پروبیوتیک به طور مستقیم به عنوان مواد افزودنی به آب نیز باعث سلامتی و بهبود محیط زیست می‌شوند. در آبزیان، پروبیوتیک‌ها به صورت‌های مختلفی استفاده می‌شوند از قبیل حمام‌دادن، تعلیق و غذا&zwj، با این حال، مکمل‌سازی جیره‌ها با پروبیوتیک‌ها به صورت افزودنی‌ها بهترین روش برای موفقیت در کلنی‌سازی و پایداری در روده استو براساس تحقیقات صورت گرفته در سطح جهان بر روی پروبیوتیک‌ها یکپروبیوتیک مناسب باید، تحت شرایط نگهداری طولانی‌مدت پایدار باشد، قابلیت تکثیر داشته باشد، تحمل اسیدیته دستگاه گوارش و نمک‌های صفراوی را داشته باشد، قابلیت تولید مواد ضد میکروبی علیه عوامل بیماری‌زا (تولید اسید، پراکسید هیدروژن و باکتریوسین‌های ضدپاتوژن)داشته باشد، توانایی رقابت جهت کسب مواد مغذی حیاتی را داشته باشد، قابلیت تحریک دستگاه ایمنی میزبان را داشته باشد، ایمن ، غیر مهاجم، غیر سرطان‌زا و غیر بیماری‌زا برای میزبان باشد، محرک رشد وهمچنین سویه‌ها باید توانایی تولید ویتامین‌ها از جمله (بیوتین و B₁₂) را نیز داشته باشند و همچنین طریقه مصرف پروبیوتیک‌ها آسان باشد.